九州告急的烽火，迅速烧到了本州。
江户城天守阁内，德川家康看着黑田长政的急报和关于明军在九州恐怖战力的密探详述，面色凝重如水。
肥后陷落、加藤清正战死，损失远超预期。他深知明军背后是整个大明帝国的战争潜力，绝非寻常“倭寇”可比。
强硬派（以本多正信等为首）主张立刻动员西国大名，组建大军渡海支援九州，将明军赶下海—“否则幕府威信扫地，天下动摇！”
稳健派（以酒井忠世等为首）则忧心忡忡：“明军火器犀利，战法凶悍，九州地形复杂，劳师远征，胜算几何？若主力有失，关东空虚，丰臣遗孽或西国雄藩趁机作乱，如之奈何？”
更有甚者，私下认为九州诸侯（尤其岛津、加藤）过去桀骜不驯，消耗一下也未尝不可。
老谋深算的家康最终采取了折衷且更具控制力的策略：
正式任命黑田长政为“征夷总大将”（讨伐明军），授予其调动九州及本州西部部分大名兵力的权力。同时，象征性地从直属旗本中抽调三千精锐（由心腹大将率领），并调拨一批火药、铁炮（火绳枪）运往小仓，以示幕府支持。
严令本州西部所有大名（特别是中国地区的毛利家、四国的蜂须贺家等）进入战备状态，整饬军备，随时听候调遣。但强调，未得幕府明令，不得擅自渡海进入九州。
其核心意图是让九州诸侯（尤其是非嫡系）与明军先血拼消耗，幕府力量则作为最后底牌和仲裁者。
秘密遣使通过琉球或朝鲜渠道（尽管希望渺茫），试图了解明朝此次远征的真实意图和底线，有无和谈可能。
…………
广岛城的毛利辉元，作为西日本最强大的外样大名，同样收到了黑田长政的求援和幕府的备战令。他的心情极为复杂。一方面，明军入侵威胁到整个日本，唇亡齿寒。另一方面，他对德川幕府深怀戒心，担心被当枪使，消耗自身实力。同时，九州若被明军或幕府彻底控制，对处于本州与九州之间的毛利家也非好事。
他采取的策略是：大规模动员领内军队，修缮战船，囤积粮草，做出随时可以出兵的姿态，既回应幕府，也威慑明军和潜在的对手（包括幕府）。
严令前线部队不得轻举妄动，密切关注九州战局和幕府后续动作。他需要看清明军的真正实力和幕府的决心，才会决定是全力支援九州，还是趁机与各方讨价还价，攫取更大利益。毛利家的水军（村上水军余脉）开始加强在关门海峡和濑户内海西口的巡逻。
长州（毛利）、土佐（山内）、伊予（加藤）等本州西部和四国的大名，虽未直接受敌，但恐慌情绪蔓延。
征召令下，农兵被集结，市场物价飞涨（尤其是铁、硝石、粮食），领内气氛紧张。一些小藩主则惶惶不可终日，四处打探消息，寻求强大邻居的庇护。
在黑田长政的强力召集和幕府“征夷总大将”名分的加持下，昭武三年（1601）二月初，九州抗明联盟的雏形在小仓城艰难成型。与会者皆是各方重量级代表。
黑田长政（主持者）：代表幕府意志，态度最强硬。他力主组建一支以九州诸藩为核心，幕府军为后盾的联合大军，趁明军在肥后立足未稳，发动大规模反攻，一举将其击溃或赶回萨摩。
立花宗茂（柳川藩主）：被誉为“西国无双”的名将，性格刚烈勇猛。他对明军的暴行（尤其加藤清正之死）义愤填膺，主战最力。他带来了柳川藩最精锐的部队，并以其威望吸引了众多浪人和小豪族加入。他主张发挥日军熟悉地形、擅长近战夜袭的优势，以精锐部队进行机动灵活的打击。
锅岛胜茂（佐贺藩主）：代表肥前龙造寺-锅岛势力。态度较为务实谨慎。他担忧明军水师对佐贺沿海的威胁，更担心与明军硬拼消耗自身实力。他强调稳扎稳打，依托筑后川等天险建立稳固防线，消耗明军锐气，等待幕府大军或本州援军。
大友义统的代表表达了丰后藩抵抗的决心，但反复强调自身力量薄弱，亟需盟友，特别是立花家和黑田家的直接支援。
岛津忠恒的秘密代表（伪装成商人）：传递了岛津家“身在曹营心在汉”的立场，承诺提供明军在萨摩、肥后部分驻军、工事、粮道的情报（真伪需甄别），并暗示在关键时刻，岛津旧部可在敌后发动袭扰。
其他还有马晴信（岛原）、相良赖房（人吉）等较小势力的代表，多依附于几大势力，表达同仇敌忾之意，但能提供的兵力有限。
经过激烈的争吵、妥协和黑田长政的强力斡旋（甚至隐含幕府的威胁），联盟勉强达成以下决议：
组建联合军，以立花宗茂为总大将（前线指挥），黑田长政总督后勤及联络幕府。第一期集结兵力：立花家：30人（含精锐武士800）；黑田家：3000人（含旗本精锐1000）；锅岛家：20人；大友家：2000人；其他九州诸藩及浪人众：约3000人。
总计：约一万四千人（宣称三万，实则远不足）。幕府承诺的3000旗本作为战略预备队，暂驻小仓。
联军以“收复肥后，屏障筑前筑后”为首要目标。主力由立花宗茂统率，沿筑后川向肥后境内（主要是北部未被明军完全控制的区域）推进，寻求与明军野战。
锅岛胜茂部负责保障侧翼（尤其是对可能从有明海方向登陆的明军水师的警戒）和后勤线。大友军负责牵制可能从日向方向北上的明军偏师。黑田长政坐镇小仓，统筹后勤（粮秣主要从本州西部征调）和联络各方。
黑田强调利用九州多山多河的地形，避免在开阔地与明军火器硬撼。多采用夜袭、伏击、骚扰粮道、利用铁炮（火绳枪）三段击战术在复杂地形对抗明军火铳兵等战法。立花宗茂尤其强调“以正合，以奇胜”，将亲自率领精锐武士队，作为“奇兵”使用。
各方共享关于明军动向的情报（岛津方面提供的情报被单独处理，谨慎使用）。组织忍者（尤其黑田、立花家豢养的“乱波”、“夜袭”）深入敌后，刺探军情，破坏粮道，甚至刺杀明军军官。